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Les masses d’eau de transition (estuaire et lagunes méditerranéennes) subissent de fortes variations de salinité, de température, de concentration en oxygène dissous et en turbidité. Ces fluctuations surviennent du fait de l’influence intertidale et des mélanges entre masses d’eau douce et masses d’eau marine. Ces caractéristiques particulières confèrent aux zones estuariennes de très fortes productivités (McLusky 1989) et induisent également de grandes fluctuations de la faune piscicole, tant en termes d’abondance que de composition (Marchand & Elie 1983, Marchand & Schaan 1995, Mouny 1998, Riou 1999, Le Pape et al. 2000, Duhamel et al. 2002, Amara & Paul 2003, Parlier & Feunteun 2004, Ray 2005).

Les zones estuariennes font l’objet de multiples usages (urbanisation, industrie, agriculture, ports, zones protégées, etc.) qui influent sur l’équilibre et le rôle fonctionnel de ces écosystèmes pour le compartiment ichtyologique.

De part leur niveau trophique, les poissons sont de bons indicateurs de la qualité des milieux. L’objectif est d’utiliser cette fonction d’indicateur biologique des peuplements de poissons afin d’évaluer l’état écologique des masses d’eau de transition françaises.

Une méthodologie basée sur la construction d’un indicateur multi-métrique, qui traduit des fonctionnalités importantes de ces écosystèmes et permet une approche claire de l’évaluation de l’état des masses d’eau, à partir de la composante poisson.

Dans le cadre de la DCE, l’ichtyofaune des masses d’eau de transition est suivie deux fois par an (printemps et automne) sur trois années consécutives selon un protocole d’échantillonnage standardisé élaboré par INRAE.

Ces protocoles ont fait l’objet de travaux de normalisation en 2009-2010. La norme expérimentale a été publiée sous le numéro d’ordre XP T90-701 en date du 1er juin 2011. Elle a été révisée et publiée sous sa forme homologuée NF en 2021.

Un guide d’application est également en cours d’élaboration.

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