Phytobs

Le logiciel Phytobs a été développé à partir de 2009 afin de répondre au besoin d’un outil de comptage du phytoplancton indépendant des logiciels commerciaux et multi-plateforme (Windows, Linux et Mac OS) permettant la bancarisation des données. Il est construit autour d’une base de données en MySQL et s’exécute par l’intermédiaire d’une application développée en JAVA.

Phytobs peut être exécuté en local (sur un PC) ou en réseau sur un serveur (pour une utilisation multi-utilisateurs) et son interface peut s’afficher en français, anglais, polonais ou espagnol (d'autres langues sont en cours de création).

L’application ainsi construite comprend 4 modules :

• gestion des taxons et des calculs de biovolumes unitaires,
• comptage au microscope,
• calcul de l’IPLAC,
• calcul de l'IPHYGE.

Le module de comptage de Phytobs permet la saisie assistée (par l’utilisation de code) des relevés de taxons des échantillons et le comptage avec 2 stratégies de comptage par échantillon. Les dénombrements (nombre de cellules ou d’individus par ml) et de biovolumes (mm³/l) correspondants sont automatiquement calculés et bancarisés. Depuis la version 3.2, les résultats sont aussi présentés sous forme de synthèse par groupes algaux (abondance, biovolume, biovolume relatif et teneurs en carbone) et précisent le biovolume de cyanobactéries potentiellement toxiques avec l’indication des toxines potentielles correspondantes (conformément à la liste définie dans l'ouvrage d'expertise collective de l'Anses).

Le module de gestion des taxons de phytoplancton comprend les dénominations taxonomiques à jour avec les synonymes les plus communs de tous les groupes algaux rencontrés dans les échantillons de phytoplancton (plus de 10000 dénominations à ce jour). Des biovolumes individuels peuvent être calculés sur des taxons existants ou de nouveaux ajoutés par l’opérateur.

Le module IPLAC de Phytobs permet le calcul de l’Indice Phytoplancton Lacustre (Laplace-Treyture & Feret, 2016) [1] mis en œuvre pour l’évaluation de l’état écologique des plans d’eau.

Le module IPHYGE de Phytobs permet le calcul de l’Indice Phytoplancton en Grands cours d'Eau (Meyer et al., 2023) [2] mis en œuvre pour l’évaluation de l’état écologique des grands cours d'eau en France métropolitaine.

Enfin la totalité des données produites et bancarisées est exportable en format csv : type base données, libre ou selon les recommandations pour l’échange de données nationales. Les sorties des calculs de l’IPLAC et de l'IPHYGE fournissent aussi un pdf de synthèse du calcul de l’indice par plan d’eau ou cours d'eau.

Phytobs se veut interactif et ouvert : diffusé gratuitement sous licence GNU GPL, le code est accessible aux développeurs qui le souhaitent, afin de garantir l’évolution, l’amélioration et l’adaptation de cet outil à un panel d’utilisations et d’utilisateurs le plus large possible.

[1] Laplace-Treyture C., Feret T., 2016. Performance of the Phytoplankton Index for Lakes (IPLAC): A multimetric phytoplankton index to assess the ecological status of water bodies in France. Ecological Indicators. Vol 69, Pages 686-698

[2] Meyer, A., Prygiel, E., Laplace-Treyture, C., 2023. DIPCEAU : Développement d’un Indicateur Phytoplancton pour l’évaluation de l’état écologique des Grands Cours d’Eau. Action 3 : mise au point de l’indicateur IPHYGE. Création et sélection de métriques (Rapport final). INRAE Nouvelle Aquitaine Cestas, Gazinet, FRA.

Fichiers en téléchargement

PHYTOBS v3.2.4 Installation complète

Télécharger	1- MySQL Logiciel MySQL (indispensable à Phytobs). Télécharger depuis le site de MySQL le fichier mysql-installer-community-8.0.xx.0.msi (celui du bas)	lien html		Nouvelle version du logiciel de comptage du phytoplancton : comptage, calcul de biovolume, export des données  et calcul des indicateurs d'état écologique basés sur le phytoplancton (IPLAC et IPHYGE). Plus de 10300 appellations de taxons prises en compte avec synonymie et cyanotoxines potentielles.
Télécharger	2- PHYTOBS Logiciel de comptage du phytoplancton : comptage, calcul de biovolume, export des données  et calcul de l’IPLAC et de l'IPHYGE. Plus de 10300 appellations de taxons prises en compte avec synonymie et cyanotoxines potentielles	.exe (181 Mo)	v3.2.4 09/04/24
Télécharger	3- Notice Notice d’installation	.pdf (1.1 Mo)	06/07/22

Mise à jour PHYTOBS v3.2.4

Télécharger	1- PHYTOBS Mise à jour du logiciel de comptage depuis une version précédente (3.x)	.exe (25.6 Mo)	v3.2.4 09/04/24	Mise à jour du logiciel de comptage du phytoplancton,  incluant le calcul de l'indicateur IPHYGE, l'ajout d'appellations de taxons, des modifications de synonymies, l'insertion d'une alerte de mise à disposition d'une nouvelle version sur le site. Le logiciel est maintenant aussi utilisable en polonais.
Télécharger	2- Notice Notice  de mise à jour	.pdf (208.8 Ko)	06/07/22

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Correctif PHYTOBS de la version 3.1.1 vers la version 3.1.2 Correctif du logiciel de comptage depuis la version 3.1.1 vers la version 3.1.2

.exe (9.3 Mo)

v3.1.2 11/03/19

Correctif de mars 2019 permettant le passage de la version 3.1.1 à la version 3.1.2 (correction des fonctions d’import et d’export de bases de données)